Phương pháp giáo dục của TOMATO được phát triển dựa trên những triết lý giáo dục tiến bộ của thế giới. Có thể khái quát những nét chính của phương pháp này như sau:
- Tôn trọng hướng phát triển tự nhiên của từng học sinh. TOMATO có kế hoạch theo dõi và phát triển riêng cho từng em dựa trên cá tính, tố chất sẵn có của mỗi em.
- Chú trọng niềm vui trong học tập của các em. Chỉ khi có được niềm vui này, các em mới có thể làm chủ, tự tổ chức việc học của mình. Môi trường thân thiện, ấm áp và phương pháp “học mà chơi, chơi mà học” của TOMATO sẽ giúp các em tìm thấy niềm vui đó.
- Chú trọng phát triển năng lực tự tạo lập tương lai của của các em chứ không phải là “chuẩn bị các em cho tương lai”, vì cách tốt nhất để dự đoán tương lai chính là tạo ra nó. Phương pháp của TOMATO là gợi mở cho các em, và tạo môi trường thuận lợi để các em tự làm lấy chứ không làm thay, không máy móc hóa các em.
